La contaminación cruzada se produce durante el proceso de producción, cuando en una misma fábrica se produce más de un tipo de alimento y los equipos empleados para procesar esos alimentos no se limpian adecuadamente. Como resultado, la contaminación procedente de uno de los alimentos se transfiere a otro a causa de los equipos que no se han limpiado como es debido.

La contaminación por partículas se produce cuando las partículas diminutas en suspensión se depositan sobre los alimentos y los envases abiertos de bebidas durante el proceso de producción o el de embalaje. Este tipo de contaminación casi siempre se debe a la falta de un sistema de filtración de aire efectivo que pueda eliminar la mayoría de las partículas antes de que acaben mezclándose con los alimentos. Pero, además de los filtros de aire, las empresas de alimentos y bebidas deben comprender que la construcción y el diseño de sus instalaciones también puede dificultar o contribuir a la incubación de partículas nocivas.

La contaminación microbiana, hace referencia al crecimiento de bacterias y moho. Puede producirse por procedimientos de higiene inadecuados por parte de los empleados o debido a la presencia de humedad en las instalaciones,
procedente de fugas que pueden empeorar con el tiempo y dar lugar a la aparición de moho. Muchas bacterias y mohos pueden propagarse por el aire y, si no se eliminan eficazmente mediante filtración del aire, pueden convertirse en un problema de responsabilidad.